Misschien moet je ff alle vertexes selecteren met A of 2xA en dan "remove doubles" klikken...
Dat is zowieso een goed idee na het modelleren van een ingewikkelde Mesh omdat bij extruden en Shift-D-en soms als je Ctrl-Z gebruikt om iets ongedaan te maken, je een stap terug gaat, terwijl je copie er nog gewoon staat,daar had je twee stappen terug voor meten gaan... ik vergeet dat weleens en dat zit ik met dubbele Faces.
Remove Doubles is de oplossing in zon geval...