Heb je ook het deel dat getekend is door Dick Matena?

Je moet even ergens transperancy aanvinken. Dan kun je de kleur van de ogen weer zien.

Ik denk dat je het niet helemaal juist formuleert. De ogen zitten denk ik niet in de armature maar worden misschien al beïnvloed door de armatuur. Dit zou kunnen als je bijvoorbeeld de ogen in de zelfde mesh hebt als de rest van het lichaam.
Ik weet niet precies wat je bedoeld. Als je ogen onderdeel zijn van je hoofd mesh, dan kun je door op 'p'te klikken diet los maken.

Afhankelijk van wat er precies aan de hand is, je kunt van de modifier stack de armature van de mesh verwijderen. Of alt-p dan gebeurt het zelfde. Of misschien de weight verwijderen van de bone die geen invloed op de ogen mag hebben.